Molekular- und Infektpathologie

Das Institut für Pathologie am Kantonsspital Baselland ist neben der Tumordiagnostik auf die Erregerdiagnostik spezialisiert. Zur Identifikation der krankheitsverursachenden Pathogene kann auf verschiedene Technologien zurückgegriffen werden: Immunhistochemie (IHC), Polymerase-Kettenreaktion (PCR) sowie Next-Generation Sequencing (NGS).

Molekularpathologie Einsendeformular (PDF)

Proben

Das Team der Molekularpathologie ist spezialisiert auf den diagnostischen Nachweis von Erregern in Formalin-fixiertem, Paraffin-eingebettetem Gewebe (FFPE-Proben). Wir nehmen aber auch Nativgewebe (frisch oder gefroren), Blut, Liquor, Abstriche (auch aus ThinPrep) und andere Flüssigkeiten für den Erregernachweis an.

Wichtiger als die Form der eingesendeten Probe ist die Art der Vorbehandlung. Bei Gewebeproben sollten lange Fixierungszeiten (länger als 24 Stunden), Fixation in ungepuffertem Formalin oder Säure-basierte Entkalkung vermieden werden. Diese Faktoren können die Qualität der Probe vermindern und Artefakte verursachen, die den Erregernachweis letzten Endes unmöglich machen.

Molekularbiologische Spezialanalysen:

  • SARS-CoV-2 Nachweis / COVID-19
  • Respiratorische Screening Assays
  • Metagenomics WGS
  • HPV Nachweis
  • H.pylori Resistenzmutationen

Seitdem die Corona-Pandemie im März 2020 die Schweiz erreicht hat, bieten wir als erste Pathologie nicht nur den Nachweis von SARS-CoV-2, sondern auch die Bestimmung der Viruslast im diagnostischen Setting an.

Dafür können uns jegliche Proben zugesandt werden. Wir haben die Funktionalität des Tests an Formalin-fixiertem, Paraffin eingebettetem Gewebe (FFPE-Proben), Frischgewebe, Liquor, bronchoalveolärer Lavage sowie an Abstrichen (intra vitam & post mortem) bestätigt. Im April 2020 hat unser Labor am ersten SARS-CoV-2 Ringversuch teilgenommen und konnte erfolgreich sämtliche Ringversuchsproben korrekt diagnostizieren.

Von Beginn an haben wir mit unseren molekularbiologischen Technologien nationale und internationale Forschungsprojekte unterstützt und konnten das Virus nicht nur in der Lunge, sondern auch in anderen Organen nachweisen (z.B. Herz, Niere, Hirn, Plazenta, …).

Studien, die in Zusammenarbeit mit der Molekularpthologie des KSBL publiziert wurden:

SARS-CoV-2 Nachweis / COVID-19

Infektionen der oberen und unteren Atemwege werden durch eine Vielzahl von Erregern (Viren, Bakterien und Pilze) hervorgerufen, die zum Teil sehr ähnliche Symptome verursachen. Daher bieten wir verschiedene Multiplex Assays* an um mehr als 40 respiratorische Pathogene nachzuweisen.

Für die respiratorischen Screening Assays können Sie uns Gewebeproben (FFPE & Fresh frozen), aber auch Abstriche, Absaugungen und Flüssigkeiten senden.

Im Unterschied zu Kassetten-basierten Syndromic Panels der Mikrobiologie laufen in unserem Prozess Probenverarbeitung und -Analyse getrennt ab. Dadurch sind wir in der Lage, am bereits eingesendeten Material zusätzliche Analysen (Nachbestellungen) innert weniger Stunden durchzuführen, ohne das eine neue Probe entnommen und eingesendet werden muss.

Respiratorische Screening Assays

* aktuell im nicht-akkreditieren Bereich

Für Fälle, bei denen Erreger sich nicht durch konventionelle Histologie, Spezies-spezifische PCRs oder Screening Assays identifizieren lassen, haben wir einen Metagenomics Assay* für Gewebeproben entwickelt. Der Assay basiert auf der Analyse aller in der Probe vorkommenden DNA. Mithilfe der gewonnenen DNA-Sequenzinformationen werden dann alle Bakterien und Viren identifiziert, die sich zum Zeitpunkt der Analyse im Gewebe befinden. Dabei gilt es, potentielle Krankheitserreger von den natürlich vorkommenden, nicht pathogenen Bakterien (auch «Mikrobiom») zu unterscheiden. 

Aktuell ist die Analyse nur für Lungenproben etabliert. Der Grund dafür ist, dass sich das Mikrobiom von Organ zu Organ unterscheidet und der Assay für jede Topographie eingestellt werden muss. Die Ausweitung der Analyse auf weitere Organe ist geplant. Bei Fragen zu diesem Assay wenden Sie sich bitte an die Vertreter unserer Molekularpathologie

Metagenomics WGS

* aktuell im nicht-akkreditieren Bereich

Humane Papillomaviren (HPV) sind eine Gruppe von Viren, die mehr als 120 verschiedene Typen umfasst, die sowohl gutartige als auch bösartige Tumore (z.B. Gebärmutterhalskrebs) verursachen können. Daher werden die HPV-Typen aufgrund des Risikotyps unterteilt: In high-risk Viren (z.B. HPV 16, 18, …), bei denen ein hohes Krebsrisko besteht, und in low-risk Viren (z.B. 6, 11, …), die hauptsächlich für die Bildung von Warzen verantwortlich sind. In die dritte Gruppe fallen jene HPV-Typen, deren Krebsrisiko nicht abschliessend geklärt ist («probable high-risk», z.B. HPV 26, 114,…).

Im Gegensatz zu allgemein üblichen HPV-Panel-Tests, welche eine Auswahl von HPV-Typen abdecken, bieten wir hier einen «offenen» HPV-Screening-Test an. Damit konnten wir im Laufe der Zeit ca. 60 verschiedene HPV-Viren, also etwa die Hälfte aller aktuell bekannten HPV-Typen, nachweisen.

Unser Test ist damit nicht nur für Erstdiagnosen geeignet, sondern auch für Labore, die trotz anhaltendem Verdacht in ihrem Panel-Test kein HPV-Virus nachweisen konnten.

HPV Nachweis

Helicobacter pylori ist Ursache von Entzündungen (Gastritis) und Ulcera des Magens und wird mit einer Kombination aus Protonenpumpenhemmern und Antibiotika behandelt. Aufgrund von Resistenzmutationen können Chinolone und Clarithromycine im Einzelfall bei der Behandlung von Helicobacter-pylori-Infektionen keine Wirkung mehr zeigen.

Das Institut für Pathologie am Kantonsspital Baselland bietet hier die Möglichkeit, noch vor dem ersten Einsatz von Antibiotika an diagnostischen Gewebsbiopsien aus dem Magen, Resistenz-vermittelnde Mutationen im Genom von Helicobacter pylori zu detektieren. Das gibt dem behandelnden Arzt die Möglichkeit, dem Patienten unwirksame Therapieversuche zu ersparen und damit die Behandlungszeit zu verkürzen.

H.pylori Resistenzmutationen

Unsere Zertifikate Infektpathologie

Zertifikat 2016 Borrelien und Tularaemie Nachweis (PDF)
Zertifikat 2018 Chlamydien trachomatis Brucellen und Tularaemie Nachweis (PDF)
Zertifikat 2017 Dermatophyten Nachweis (PDF)
Zertifikat 2018 Tuberkulose Nachweis (PDF)
Zertifikat 2019 HPV Nachweis
Zertifikat 2019 Borrelien und Helicobacter pylori Nachweis